1885年,日惹考古学会主席Yzerman发现塔基下面有“隐藏的塔基”,并在1890年-1891年将隐藏塔基的浮雕逐块拍照。荷兰东印度政府获悉之后采取了保护佛塔的必要措施,于1900年设立了一个由三名成员组成的委员会评估佛塔,这三名委员包括:Brandes(艺术历史学家)、Theodor van Erp(荷兰皇家部队工程师)和Van de Kamer(公共事务局建筑工程师)。
Theodor van Erp随后领导修复工程,遵照“原物归位”的原则于1907年-1911年修复婆罗浮屠。前面的7个月,Van Erp 的工程队挖掘佛塔周围的地面,以寻找丢失的佛像头部和石板,随后分解和重建了塔顶的3层圆台和舍利塔。同时,Van Erp 发现了其它一些修复佛塔的方法,并且提交了另一份预算34600荷兰盾的计划。此后,婆罗浮屠初步恢复了往日的辉煌。