萬石蓮寺即萬石巖,位於廈門萬石植物園內。山上奇峰怪石遍佈，林木繁茂，文物薈萃。登上萬石巖放眼四顧，處處是石，大小重疊，橫豎傾欹，古人石上題刻“萬笏朝天”， 為廈門小八景之一。漫山奇石巉巖掩映在蒼鬆翠柏之間，若人若獸，蹲伏撲擊，韆姿百態，各具形像。巖下有一深澗流泉，名為“小桃源”，右側山峰形似像鼻，被稱為“像鼻峰”。　

萬石巖建於明末，後毀於兵燹。清康熙二十二年，施瑯在復建南普陀寺的同時重建萬石巖。1937年，抗戰爆發時，會泉法師和弘一法師曾移居這裡並傳法度眾。在石巖洞居室，祂們自題“殉教室”，以示愛國殉教的宏願。當時會泉法師住持萬石巖，對寺巖進行全麵繙脩擴建，並創辦“萬石彿學研究社”。民國三十七年，印順法師曾在寺中開設的“大覺彿學社”講授彿學。

萬石蓮寺現有山門、大雄寶殿、伽藍殿、會泉法師紀唸堂以及講堂、院捨等，總建築麵積達6500多平方米。