连横纪念馆位于杭州西湖风景区的玛瑙寺，2008年12月开馆，占地面积9139平方米，建筑面积2600平方米。玛瑙寺为著名古代佛寺，1926年－1927年，连战的祖父、《台湾通史》作者、爱国史学家连横，曾居住于该寺研究整理文史资料；连战的父亲连震东也曾来杭探亲居住，与玛瑙寺结下渊源。2006年，连战首次来杭参访，对玛瑙寺的建筑及环境保护给予高度评价，并提出将玛瑙寺建成海峡两岸文化交流平台的设想。在两岸共同努力下，2008年12月，连横纪念馆由台湾财团法人“国政研究基金会”与杭州西湖风景名胜区管委会共同筹备建设完成。
　　连横纪念馆一期运用玛瑙寺原来的厢房作为展示空间，共分为7个展厅，分别是台湾自然环境厅、历史文化厅、台湾原住民厅、连雅堂纪念厅、台湾人物志厅、传统工艺厅、现代工艺厅。二期在一期展厅的基础上，增加台湾近代雕塑百年展展区、雅言图书馆、清泉居饮茶室和连横纪念馆门楼。展区集结了台湾过去百年雕塑界的47件代表作品。而雅言图书馆则收藏和集纳了有关台湾自然、历史和人文等方面的1112册文献。