拉卜楞寺有六大学院，最大的是闻思学院，属于显宗，其余五学院属于密宗及其他。显宗重理解，要系统学习佛学原理；密宗重修持，学僧接受专门教育。 　　
　　闻思学院。主要学习五部大论，共分十三级。 　　
　　因明部。5年学程，分5年5级。第一年学辩红白下，第二年学辩红自上，第三年学集类中品，第四年学集类上品，第五年学因明类。学力著作有色仓阿旺扎西的《集类论》、法称的《释量论》及甲曹杰、克珠杰、第一世嘉木样等撰写的注释本。 　　
　　般若部。4年学程，分4年4级。第一年学“论新下”，第二年学“论新上”，第三年学“第一品至第三品”，第四年学“第四品至第八品”。学习著作有《现观庄严论》，宗喀巴的《现观庄严广论》、《嘉言金运》，甲曹杰的《现观庄严名义释广解》，第一世嘉木样的《现观庄严论大疏》等。 　　
　　中观部。2年学程，分2年2级。第一年学“中观新论”，第二年学“中观旧论”。学习的主要论著有龙树的《中观本领》，月称的《中观明句论》，佛护的《中观佛护释》及宗喀巴的《人中论广释》、《人中论摄义》，甲曹杰的《中观广论摄义》，第一世嘉木样的《中论大疏》等。
　　俱舍部。4年学程，为一学级。第一年学初四品，第二年学后四品，第三四年总复习。学习的著作有世亲的《俱舍颂》、《俱舍自解》，宗喀巴的《俱舍论》和第一世嘉木样的《俱舍大疏》等。 　　
　　律学部。只此一级。修业期限不定。主要学习功德光的《戒律本有》及宗喀巴师徒3人的《菩萨戒释》和《比丘戒释》，第一世嘉木样的《律部大疏》。 　　
　　闻思学院的学习时间，一年分为九个学期，即四个大学期，每学期为一月；二个中学期，每学期20天；三个小学期，每学期15天，学经的方法以背诵与辩论相结合为主。学僧每年必须经过严格的考试，方能升级，时间为每年农历十一月十九日。考试时，考生坐中间，回答格西和僧人们提出的问题，回答圆满，不漏点滴，方为及格。 　　
　　闻思学院设有3种学位，然坚巴，凡般若部毕业或六至十二年级学僧，可以申请，参加考取然坚巴学位，科目以因明和般若为主。每年举行2次，第一次在农历五月十七日至六月十七日之间进行，第二次在农历十一月十七日至十二月十七日之间进行。尕仁巴，凡俱舍部学完4年功课者，全部称尕仁巴。多仁巴，是闻思学院最高学位，考僧必须是俱舍部毕业者。考试科目为五部大论，非常严格，每年仅录取两名。分两次进行，第一次在农历正月十七日至二十日；第二次在七月九日至十三日。