天台山佛学院的前身是天台山佛学研究社，1931年创立于国清寺，50年代停办。1983年，党的宗教政策落实后，研究社得到恢复，面向全省寺院招生。1999年，由于国清寺游人众多，在台湾慧岳法师的倡议下，经政府有关部门批准，研究社迁到智者塔院，并更名为天台山佛学院。佛学院的30多名学僧来自全国15个省市，全是10岁以上、30岁以下、出家1年以上的男僧，大部分高中毕业，也有多位大学生。他们除了学习以天台宗为主的佛教知识，还要学习古代汉语、书法、英语(或日语)、电脑等课程，由7位法师和3位老师任教，其中2位是浙江师范大学的退休教授。
佛学院由国清寺住持可明任院长、石梁下方广寺监院月真法师任教务长，全面主持工作。佛学院筹办的经费和日常开支由国清寺负责。 智者塔院也叫塔头寺或真觉寺，位于国清寺到高明寺之间的佛陇山金地岭上，从远处望去，佛陇山犹如一条长龙，而寺院隐身的树林则是峥嵘、葱郁的龙头。多年的荒废使得塔头寺破败几近于倒塌，十几年来，只有一位老师父在默默地看守着，但佛学院的到来很快使它恢复了生机。半年时间里，崭新的教室、学僧宿舍、法师宿舍建起来了，原有的殿宇也整修一新，但是，为了保持塔院原有的朴实风格与寺院应有的庄严，本着“建新如旧”的原则，新房与旧房结合得十分和谐，有关古迹也得到了很好的保护。看到这里树多花少，月真又带人种了几十棵梅花。寺内设施颇为先进，不但有热水、冰箱、消毒碗柜，更有影碟机、复印机等现代化教学设施，生活十分便利。1999年9月20日，天台山佛学院正式开学。由于天台宗的特殊地位，国内外佛教界和省、市、县有关领导均到校祝贺，并对该校寄予了厚望。
现任院长：可明长老