据传，在平安时期，花山法皇来此参拜时，曾赞扬此地是西国三十三个观音神灵祭所之中最出色的古刹。平安中期，那谷寺与温容寺、荣谷寺并称为白山三大寺院。不过在南北朝时代时，因卷入战乱而从此荒废。


岩屋本殿是1640年第三代加贺藩主前田利常授命重建的，又名大悲阁，由于泰澄大师借洞窟以喻母胎，所以建本殿之后，便成了为清洗自身的罪与污秽的处所，人们纷至沓来，也成为善男信女还愿的圣地


大悲阁是以岩山腹部自然形成的洞穴而建，下部架空成舞台状。阁壁四周雕刻成鹿、凤凰、鹤、松、竹、梅、橘、红叶等花鸟的装饰格，兼有采光及通风的效果，也可以登上舞台俯瞰整个风景。

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