扎塘寺是在西藏佛教“后宏期”(十世纪后叶，佛教在藏区复兴，是谓“后宏期”佛教)开始不久的1081年创建，位于县政府所在地。其创建人是扎囊十二贤人中的扎巴恩协巴(1012——1090年)。据《青史》记载，扎巴?恩协巴“于王子年(宋真宗大中祥符五年，公年1012年)诞生，他和至尊玛尔巴是同年生人。此师少年时曾为欧区人牧羊五年，生起觉悟而在漾须师座前出家，起名协绕嘉哇(智胜)，在师前听受毗奈耶约一年时间，继后在伯父香敦却坝座前听受他所知道的诸法。从伯父前刚一求得《夏温修法》，即获见本尊。此外对于一切法都略作听受即能知道而，成为殊胜的通达。他从‘耶’区开始至约区方面修建了很多寺庙。伯父逝世后，他不乐意在山谷寺庙中住持寺座，而和纳地旅店的女店主同居，修筑新房，讲说许多“密续经释”;并建造胜乐金刚像如喜金刚像十万尊。从那里出有许多雅陇(地方)方面的弟于，并汇集了许多求学“密续经释”的学人。有一弟子迎请他到雅陇地方，他生起了大福泽，以此获得格西扎巴(富有的善知识)的名称。中间有一段时间他和当已桑杰及班抵达?达哇贡波(月估主)二师相会面，在当巴师座前供上许多黄金，当巴虽未饮受，但仍将息结派(十一世纪初，印度佛学家当巴桑杰入藏创息结派，以修行般若经义，断除一切苦恼生死涅盘命名的佛教派系)九种明灯法门教授传给他：达哇贡波也将《六支瑜伽教授》传赐予他，他依教授精修而获证大智。……他年届七十岁时岁次辛酉(公元1081年)为扎塘寺尊基，直到他年届七十九岁时被一弟子用筷穿其心而逝世时，寺庙大体完成下一些须作的工程，则由其侄郡协和郡楚二人于癸酉 (公元1093年)以前的三年中全部完成，总建此寺的时间计经十三年”。扎巴恩协已原为噶当派僧，后得当巴桑杰传授息结法要，遂自成一派称为扎巴派。

扎塘寺原名“阿丹扎塘寺”，意为五有扎塘寺。五有是相对桑耶寺而言，即桑那寺不具有这些东西。所谓“五有”，一是扎塘寺主殿(即祖拉康)底层转经回廊的宽度，比桑耶寺的多一弓(宽0.9米);二是中层转经回廊绘有千佛像壁画;三是底层象征龙王卓思坚，四是中层象征南工月杰钦;五是上层象征药王热互拉。由此看来，扎塘寺在建筑过程中，还是吸收了不少桑耶寺的建筑风格。

扎塘寺的整个建筑布局，是按照佛教密宗的曼陀罗建造而成，即所谓“坛城”。扎塘寺是西藏较早的建筑之一，别具风格的壁画，除在同期的夏鲁寺残存外，其它地区还没有发现。这些珍贵的历史文物，对研究西藏早期的壁画、外来影响、服饰等有极高的参考价值。

1996年11月20日，扎塘寺被列为全国重点文物保护