埔里的好山好水，讓飛鳥、蝴蝶也流連忘返！由於中海拔的雨量及濕度較低海拔地區高，林木茂盛，鳥類資源也豐富，其中畫眉科的鳥類外型美麗、鳴聲宛轉，更顯得多彩多姿。埔里平常留鳥約有36種、冬候鳥62種，山區可見到台灣特有種山鳥─黃山雀、白耳畫眉、冠羽畫眉等的蹤影。
台灣曾有蝴蝶王國的美稱，而埔里則是這個王國中最引人注目的「蝴蝶鎮」，種類多達三百五十幾種（台灣約有四百多種），較著名的有闊尾鳳蝶、蝙蝠蛾、木生鳳蝶等。雖然近來產量銳減，但遊客仍可走一趟木生昆蟲博物館，館內收藏昆蟲標本約一萬六千多種，除了斑斕豔麗的蝴蝶之外，還有世界各地著名的昆蟲標本。