东山禅寺的前身是「屏东佛教临济宗布教所」，于民国十叁年由屏东街市之临济宗派信者共同捐资兴建，并署「紫云山」。聘请日僧东海宜诚为第一任主任，西元一九二八年改聘诠净法师为第二届主任。西元一九二九年因该寺位于半屏山之东，并取六祖慧能大师开东山法门之义，众议更名为「东山禅寺」，供奉释迦牟尼佛。
　　民国叁十四年台湾光复后，礼请于大岗山龙湖庵依心安上人出家之圆融上人为光复后首任住持。当时龙湖庵因日军徵用驻扎，僧俗二众被驱下山而分散于白河大仙寺及新超峰寺，圆融上人则移住大仙寺。上人他到东山禅寺后，树立清规，分设职位，一切事物均按佛门丛林制度推行。继之他又开始了硬体建设，他先重建两侧寮房，以改善常住居住环境，寮房宽畅，间数亦多，能够安僧百余人。接而重建大雄宝殿，完成之后，庄严雄伟，继之美化环境，至此东山禅寺成为一处清净庄严的道场，并成为鲲南第一座花园佛寺。民国四十五年开传叁坛大戒，后来上人为培育更多佛教女子人才，民国五十二年而创办了叁年制「东山佛学院」，聘请道源长老为院长，第一届毕业生有八十余名。由第二届起，院长一职由真华、道安长老继任。民国四十年在圆融法师百般奔忙，与陈恭炎居士从旁协助下，成立屏东县佛教支会，并于县政府立案。圆融法师宏法济众，创学兴教下，屏东佛教大兴，历次当选屏东县佛教支会理事长直至圆寂。
　　东山禅寺由于早期受日僧东海宜诚领导，及日本临济宗妙心寺派之授课指导，所以当时东山禅寺的僧尼水准相当整齐，加上光复后圆融上人之积极宏法利生，使得东山禅寺全寺尼众化，并认真诚恳地礼请高僧大德来寺讲经，几乎天天上课，如斌宗老法师、道源老法师、乐果老和尚及济涛老和尚、方伦居士、雪庐老人李炳南居士等等，结果成绩卓着，变成战后主要「尼众道场」之一。
　　在东山佛学院第二届学生入学后，圆融法师又推动了安乐塔兴建工程，但未完成，法师已于五十八年圆寂。接而由徒众天禅法师代理住持继续领导，而于民国五十九年终于完成美仑美奂之七层浮屠---安乐塔，塔顶安置章嘉活佛及圆融法师之舍利，每层皆有政府首要及社会名人，题词与选赠对联。民国六十年由高徒天机法师晋山住持，并接任佛学院副院长，院长为道安长老。
　　天机法师秉持师志，于民国六十一年开传第二次叁坛大戒，七十年动工鸠建殿堂房舍，且开辟寺前道路并重建山门。七十一年创办东山幼稚园并兴建圆融图书馆。先后宏建宝莲禅寺、扬善讲堂、承得复建「报恩小筑」后改名为净因寺、复兴潮州华严禅院、创彰化净圆精舍、又建高雄圆融讲堂、创建佛陀舍利殿即万峦圆融禅寺，民国九十一年建圆融安养院于枋寮。海外部份则有美国、加拿大圆融禅寺之创建。文教社会福利方面则于民国八十四年创办圆融杂志，成立圆融文教基金会、圆融慈悲喜舍协会、圆融社会福利慈善基金会。叁十余年来在天机法师睿智领导下，落实了诸多卓越宏法工作，使得东山禅寺成为城市中的一块美丽净土。