慈莲寺开山住持果净和尚，号大愿，俗名郭三，台南县大内乡明山村(烧灰仔)人氏，出家前与夫人郭施銮英(出家后法号悟道)于新化镇经商，人称郭居士。此时伉俪俩虽甚年轻，而以殊胜因缘，于佛法上渐有领悟。当时社会学佛风气未开，对佛教教义识者不多，郭居士秉持自利利人情怀，常为访客开示佛法，率众参访寺院，领众集结共修，赢得众人爱戴。因亲近者日增，为使大众方便修证，后来者共沾法益，遂有创建道场之议。
　　民国七十二年，郭居士伉俪于冈林村购得本寺用地，冈林古名滴水仔，且寺地位处盆地之中，四周峰峰相连，有如莲花竞秀，故地理形势称为滴水莲花湖。是年，建置小平房一栋及搭盖简陋竹棚一处，作为周日道友共修道场。民国七十五年起，往来道场人士日众，共修者、参访者、慕名者不断涌入，因空间拥塞，遂在当年八月搭建铁厝百余坪作为佛堂。
　　民国七十六年间，郭居士伉俪相继落发出家，且将土地捐献给道场。承剃度师父建议，道场命名慈莲寺，取其慈悲喜舍、心性清净之意。随后即积极筹画建寺工作。几经研议，次第开发。民国八十年始建大悲殿、观堂、法堂、斋堂、寮房及辟建谛观园，于八十二年完工。八十八年三月兴筑正观大楼、禅堂、回廊等，隔年六月落成。九十年十一月于佛堂原址兴建佛宝殿，建地百余坪之广。至此本寺重要建物，几已大备。
　　慈莲寺开山以来，历经艰辛，土地变更使用编定，周旋官府数年。铲土整地，披荆斩棘，修筑道路、护坡及水沟。住众信众胼手胝足，寸土寸地莫非血汗。建物施工监工劳心劳力，鸠工庀材，募化集资，辛苦备尝。今道场已具规模，内山外山寺貌寺园清净庄严，佛陀法音不辍，圣教永续不衰，参与创建者之苦心经功不唐捐。草创迄今，僧俗四众接踵而来，聚集闻法，循佛道迹，夙夜匪懈，依阿含圣典，佛说四谛三十七道品，精进修行，蔚成道风。以弘扬佛陀正法律(阿含圣典)教育和四念处的正关实修为宗旨，提供修行者一个六和敬憎伽团专修道场，以培养四双八士自利利他。