龍眼寺是在昭和二十四年（一九四九年）左右，由當時靜岡縣清水市妙盛寺的住職，讓妙盛寺法華講的折伏，也在伊豆地方擴展，並將少數的法華講員團結起來後，以「妙盛寺出差所」的形式，首次開設正法的據點，為其歷史的開端。
昭和二十六年（ 一九五一年）時， 由法華講黎明會妙盛寺支部誕生出「黎明會伊東支部」，並在昭和三十三年( 一九五八年) 五月十八日，終於能夠開設法華講員所期盼的布教所。
同年九月，因颱風而造成重大的災害，雖然周遭的民宅皆被混濁的河流給沖走，堂宇卻奇跡似地受到保護，這是由於人數雖少的法華講員，在布教所建立之後，就一直守護著禦本尊，此憂宗護法的赤忱，連諸天都受到感動。
兩年後的昭和三十五年（一九六○年）五月二十五日，迎接禦法主日達上人猊下，盛大奉修「龍眼寺」的寺號公稱落慶入佛法會。
隔年則遷移至其他場所，昭和五十七年（一九八二年）八月三十日，現任住職將之遷移至現在的地點，並迎接禦法主日顯上人猊下盛大舉行落慶法會。
龍眼寺所在的伊豆地方，是宗祖日蓮大聖人伊豆流罪時的有緣之地，因此，龍眼寺今後也會在此地更加朝向廣布而邁進。