萬福寺始建於1661年5月，占地四萬數千坪。它的緣起，完全在於一個來自中國的名曰隱元(1592-1673)的高僧。隱元出生於福建福清的一戶農家，21歲時因去尋找外出的父親，在浙江北部一帶遊歷，後在普陀山拜見觀音佛像而萌生出家之念，以後歷經坎坷，46歲時繼承了師祖費隱的衣缽，成了家鄉黃檗山萬福寺(屬禪宗臨濟宗楊岐派)的住持，因修養深湛而深孚眾望，逐漸成了一代名僧。17世紀初期，因興盛的海上貿易，日本的長崎一時成了來自福建、浙江等地的華僑的集聚地，於是自1624年起先後興建了興福寺、崇福寺和福濟寺三座具有中國明代風格的寺院(被稱為“三福寺”)。1649年，崇福寺(該寺周圍因福建人居多，又被稱為“福州寺”)的第二代住持圓寂，一時無人繼位，就請隱元的一位弟子來擔任住持，不料在赴任途中死於海難。於是就恭請隱元赴日，初時隱元因念及自己已是六旬高齡，曾數度謝絕，後為對方的誠意所感動，在他63歲的1654年，攜帶了多名弟子遠涉重洋，乘坐鄭成功的船隻自廈門來到了長崎。其時江戶幕府已經實行了鎖國政策，除了部分中國商人可在長崎指定的區域(即所謂的“唐人屋敷”)內居住生活外，已不允許外國人自由登陸。隱元因其崇高的聲望和當地僧人特別的疏通，不僅擔任了崇福寺的第四代住持，並於翌年9月自長崎來到了大阪的普門寺。1658年，又被引薦給江戶的德川將軍，幕府當局為隱元的高僧氣度所折服，將京都附近宇治地區的一片土地賜給他建造伽藍，當地元老等也慷慨捐出資金。

隱元出於對自己家鄉的深切摯愛，將新建的寺院命名為黃檗山萬福寺，並完全依照家鄉寺院的建構，悉心策劃營造，在此擔任住持三年後，將住持之席禪讓給弟子木庵，自己則隱退於竣工不久的松隱堂，但他仍然是寺院的最高核心。在他晚年，除潛心研究佛法外，還親自製定了影響深遠的《黃檗清規》，並撰寫了《松隱集》《松隱二集》《禪餘歌》等多冊著述，將中國明代(隱元東渡日本時，中國雖然已發生了王朝更迭，但他所延承的則完全是明代的文化)的禪林禮法和規矩完整地傳到了日本，同時創建了黃檗宗，與臨濟宗和曹洞宗並舉，形成了日本禪宗的三足鼎立之勢，興盛時宗門下的寺院達到上千座，現今仍有半數留存，萬福寺也就成了黃檗宗的大本山，連先期興建的長崎“三福寺”也皈依了黃檗宗。可貴的是，萬福寺由於地處偏僻，長期以來得以遠離戰火和兵亂，並奇跡般的倖免於火災，整個的寺院建築和雕塑、器物都得以完整的保存下來，所有的屋宇都是三百五十年前的原貌，其中的十七座建築被日本政府定為“國家重要文化財產”。