曼殊院最早是日本天臺宗的創立者最澄在比叡山修建的一座小廟，十五世紀末，慈運大僧正（日本古代管理佛教事務的最高一級的官員）入寺擔任住持。當時，由皇族和權臣藤原家族中攝關家（天皇幼年時的輔政官稱“攝政”，成年後的輔政官稱“關白”）的子弟擔任住持的寺院稱為“門跡”，因慈運是伏見宮貞常親王之子，所以曼殊院也就成了天臺宗的五大門跡之一。寺院幾經遷移，十七世紀中葉由身為“天臺座主”（天臺宗中的最高職位）的良尚法親王遷至修學院離宮附近，至今也有350多年了。良尚法親王是修建桂離宮的八條宮智仁親王的次子，和其父一樣也很有藝術趣味，精於茶道花道書道，擅長園林營造，而在移建曼殊院的過程中又得到其父傾力相助，使得該寺的風格比較接近桂離宮，故有“小離宮”之稱。
曼殊院從外表看，一點都不起眼，寺門很小，也很樸素，如果沒有門框上的一塊木牌寫著“曼殊院門跡”五個字，還以為是京都大街小巷隨處可見的那種小廟，走過路過誰都不會把它放在眼裏。俗話說“人不可貌相，海水不可鬥量”，寺院又豈可貌相？別看曼殊院貌不驚人，進了殿堂才知道裏面別有洞天，不同凡響。它很像一些由貴族的山莊別墅改建過來的寺院，沒有普通寺廟的那種格局，看不到正殿、講堂、經閣、鐘樓之類的建築，卻有著山莊別墅中經常看到的大書院、小書院、茶室、院棚等，加上建築物前的枯山水庭園，整個就像是一個名寺大刹中的方丈庭園。大概那位“天臺座主”受其父薰陶，就想造個佛門中的山莊別墅。
稱曼殊院為佛門山莊，其實一點都不為過。現在入口處的宸殿就好比是山莊的玄關，從大殿到往裏走，要經過一段曲長的回廊，兩邊用窗戶封閉，內側是建築，外側是庭園，長滿了各種花卉草木。過了回廊，就是大、小書院，用隔扇門隔成一個個房間，裏面陳列著寺內收藏的許多珍貴文物，隔扇門上的畫大都出自狩野派名家的手筆，現已成為日本的重要文化遺產。
寺院建築的周圍，以及天井之類的一方空間，都被營造成枯山水庭園，大大小小，風格不一。最著名的是書院前最大的枯山水庭園，一片白沙鋪在從書院建築到林間的空地上，理出一條條細細的紋路，仿佛大海的波浪，繞著中間兩塊綠洲，上有山峰和叢林，那是兩座仙島，取名叫“龜島”和“鶴島”，好像是在表現像蓬萊三山那樣的海上仙境的意象。整個庭園在背後樹林綠葉的映襯下，顯得非常雅致，同時也能感受到一種海闊天空、虛幻飄渺的禪境。除了這個被定為國家級名勝的枯山水庭園，曼殊院也是京都觀賞紅葉的名勝之地。
  在曼殊院宸殿門上掛有“媚灶”一匾，這兩字語出《論語·八佾》：“與其媚於奧，寧媚於灶。”“奧”指尊貴的祭祀場所，“灶”是五種經常性的祭祀對象之一，後世化出“背奧媚灶”這一成語，用來借喻背著君主而阿附權臣，顯然是貶義的。曼殊院既然將這兩字掛在殿門上，又顯然不會用貶義。如果換個角度來看，就祭祀本身而言，場所再尊貴也只是場所而已，不如祭祀對象具有實在的功能，能保佑祭祀的人，所以更應該值得重視，那麼“媚灶”還是有一定的道理。曼殊院是不是想藉此告訴人們：寺院並不重要，重要的是其所供奉的佛和菩薩，進了曼殊院，不要只知流連光景，而忘了燒香拜佛。