花园法皇随宗峰妙超参禅获得印可。关山慧玄亦上承宗峰妙超法系。宗峰妙超为因大灯国师而闻名的柴野大德寺的开山之祖。

    建武4年（1337），宗峰妙超在病危之际，应花园法皇请求，推举自己门下弟子关山慧玄继承其后，花园法皇可尊其为师，同时鉴于花园法皇表示愿将自己的离宫改为禅寺，遂将其山号寺号命名为正法山妙心寺。是年12月22日，宗峰妙超圆寂。妙心寺将建武四年定为妙心寺开创之年。

    花园法皇于妙心寺附近建起玉凤院，从此随关山慧玄参禅。到了历应5年（1342），花园法皇又将仁和寺花园御所遗址交给关山慧玄。由此，妙心寺的框架基本定型。

    贞和3年（1347）7月22日，花园法皇将其对妙心寺的万般情感手书于“往年御宸翰”，并于翌年贞和4年11月11日辞世，享年52岁。

    花园法皇逝世三年后，关山慧玄专心指导修行僧，于延文5年（1360）年12月12日示寂。风水泉旁的老树下是其坐化之地。据传当时身着行脚僧的装束。遗骸安葬处，就是开山堂微笑庵之地。

    后来，妙心寺号改名为龙云寺，妙心寺名消失。时值妙心寺开创届50年之际，距开山祖师入灭也仅39年之隔。被没收34年期间，情况不祥。已改名为龙云寺的妙心寺，于永亨4年（1432）年春获归还。日峰宗舜由尾张犬山（今爱知县犬山市）的瑞泉寺进京后修整了荒芜的开山塔地，建立了开山堂，从此妙心寺走向中兴。

    妙心寺在战国时期迎来了发展的重大转机。一位名叫利贞尼的人购买了仁和寺的土地后捐献给了妙心寺。因此，从永正6年（1509）开始，寺院占地变得如今一样宽阔。
兴建了七堂伽蓝后，还相继创建了塔院。特别是在众塔院中，除龙泉庵、东海庵外，大永3年（1523）创建了圣泽院，大永6年（1526）创建了灵云院。由此确立了以四派四本庵构成的妙心寺运营体制。所谓四派，是指龙泉派、东海派、灵云派、圣泽派；所谓四本庵，是指龙泉庵、东海庵、灵云院、圣泽院。

    明治元年（1868），颁布了神佛分离令，各地开始废佛毁寺，佛像、经典在劫难逃。尽管妙心寺也受到影响，但在明治时期，却打下了宗议会等传承至今的妙心寺运营体制基础，并且还开设了妙心寺专门道场、以及今日的花园大学、花园高等学校前身的般若林。

    经过大正年间，到了昭和10年（1935），妙心寺迎来了开创六百周年。其后的昭和、平成时期的妙心寺，将书写走　京都府京都市右京区向七百年历史的进程。

    让人记忆犹新的是，在这一时期大力开展了禅的普及活动，在各地举办坐禅法会，制定“生活信条”，“树立自信观念”，开展了感恩活动，并致力于改革宗风。同时在这个时期，防灾及各院的建筑保存修缮等文化保护事业也得以发展。

    至今，敕使门、三门、佛殿、法堂、居室、开山堂、大方丈、小方丈、浴室、经藏、塔头天球院的玄关方丈、衡梅院方丈、灵云院书院等众多被指定为重要文物的建筑物，玉凤院、东海庵、退藏院、灵云院等被指定为名胜古迹的庭园等均得到很好的保护。并且，被指定为特别的名胜古迹龙安寺在联合国教科文组织的世界文化遗产名录上也榜上有名。

    作为临济宗最大的本山，妙心寺继承关山大师的法灯，弘法不息，无疑是一方美好的境地。