创办人：明妙老和尚，明公原籍福建福州，俗姓陈，生於公元一九零五年农历乙巳年七月初二日。年七岁随父皈依福州燕山龙瑞寺圆庆上人，九岁受具足於福州古山涌泉寺鼎峰老和尚座下并研佛法经文，及成後四处游方摄化有缘众。廿五岁那年随本宗老和尚，当时的极乐寺主持南下马来亚，并被委为该寺知客重职，负责接待十方慕名前来的大德同修和游人香客。后来,，接受千佛寺主持观修师太的邀请到吉隆坡教导梵呗和法器及顶礼万佛宝忏，受教者的年青人，声音嘹亮悦耳，令十方善信个个法喜充满，自动捐助兴建千佛寺，千佛寺於公元一九廿四年完成大雄宝殿及开幕(千佛寺前身是极乐精舍)。
当时恰逢第二次世界大战，日本攻打马来亚，马来亚沦陷後，由於现址千佛寺靠近机场，因此即成为攻击之目标。当日军飞过，恰巧看到两条壁上之飞龙，才惊觉是寺庙而作罢。后来，日军亲访，是乃由知客明公接待，将领说逢此战乱之际，皇军也不能保其平安，尤其千佛寺地处机场，为免祸及池鱼，所以劝其搬离此地，并说现在马来西亚全部土地已属天皇所有，只要师父看中那块空地，都可供其建庙之用。因此明公就选了“圆通寺”现址，所以修建千佛寺的泥水匠们也帮忙搬迁，而日军也借出其军车并帮忙搬迁，所以当时“圆通寺”的地址是由日本皇军所发出的。
当时的“圆通寺”，由於仓促建起，所以庙宇简陋，只有目前的前半截3亩，包括目前在该寺的联邦大道。1960年政府已计划要征用此地，1978年时才建峻，即成目前的状况。由於该寺的地契由於是日军所发，因此1967年时即向政府转换成正式地契，为期60年，若届满时再申请。
1965年，明妙老和尚圆寂；觉华法师于1965年接管圆通寺。