大藏寺位于马尔康县以东50余公里的深山之中，寺庙位于面积开阔的高山草甸，植被丰富。寺院背靠的山形如一头巨象，寺院建在象的颈部。一千多米用作转经的走廊围绕寺院一周。此外，附近山势如同环绕中央，自然形成一座十三尊大威德金刚坛城之排列。在寺院中心可远眺东南西北各有一峰，是坛城的四方护法。
在蓝天的映衬下，整个寺院的石头房子与周围的雪山、森林相映生辉，令人身处阿尔卑斯山脉之间一般。
大藏寺是由高僧阿旺扎巴大师于公元1414年所建，是他修建的108个寺庙中的最后一个，至今有950多年历史，大藏取“功德圆满”之意。大藏寺发展至今有百余间建筑物，如同一座小城，包括大经堂、宗喀巴大师殿、护法殿、未来佛殿、罗汉殿、观音殿、辩经殿等佛殿，各殿均有圣物及珍贵经书无数。寺院后山上有闭关院一座，在寺院前方，有一座三十米高的佛塔，内有无数珍贵圣物。
在历史上，由于其悠久寺史及其规模，大藏寺被尊称为"札仓第二"，地位仅次于格律派祖庭甘丹寺，是川北一带的佛法权威与中枢。