坤元寺位于村东南面于北极殿旁，村民习称为“后庙”。主供观音菩萨。据传创建于康熙31（1692）年，是早期澎南地区佛教信仰中心。
　　历多次整修，民国36年曾改建过，75年地方人士又议决重建，由主任委员翁祖传等负责鸠资，诸信徒及各方善信士，均能慨解义囊，踊跃捐输，募集达600万元，将原寺地面增长加宽，改建为2楼建筑。工程于75年孟春兴工，至76年仲夏告竣。佛寺焕然一新，美轮美奂，2楼供奉镇殿观世音菩萨，佛像庄严灵应。
　　[寺庙建筑]
　　1楼做为锁港北极殿与坤元寺财团委员会佛道合署办公之用。2楼是坤元寺的主体建筑，上楼阶梯中央塑有弥勒菩萨坐像；屋顶金黄色琉璃瓦有4个鹧尾装饰于嵴端，而正嵴中央雕有双龙拜珠，檐角排列著仙人走兽图案，有相当浓厚的民俗色彩，特别是糅合了佛道的宗教气氛。大雄宝殿主供奉著观世音菩萨，善财、龙女分侍两侧：前有地藏菩萨、弥勒菩萨、观音菩萨等塑像：在前供桌两侧有四大天王护法：右坛供奉注生娘娘，左坛供奉福德正神。
　　[弘法、文教]
　　由于未有出家众驻锡，目前由地方士绅组成管理委员会推派代表管理。然长期没有出家众带领，显已混合了神道色彩。因此除每日早晚由村内信众自行课诵外，较少举办法会活动。
　　[交通资讯]
　　公车总站搭乘澎南线山水公车于山水站下车。
　　880澎湖县马公市锁港里1251号
　　TEL：06-9951491